Studia licencjackie

Opis studiów

Zasadniczym celem studiów I stopnia jest wykształcenie w studentach podstawowych umiejętności, wiedzy i kompetencji z zakresu bioinformatyki pozwalających im na samodzielne rozwiązywanie problemów z pogranicza informatyki i współczesnej biologii.

Bioinformatyka jest kierunkiem dla kandydatów zainteresowanych biologią molekularną i technikami informatycznymi, którzy chcą podejmować wyzwania nowoczesnej biologii. Wiedza teoretyczna i praktyczna zdobyta na studiach pozwala posługiwać się narzędziami informatycznymi służącymi do analizy olbrzymich i wysoce złożonych zbiorów informacji biomedycznych (Big Biomedical Data). Absolwenci potrafią posługiwać się nowoczesnymi metodami bioinformatyki oraz biologii obliczeniowej, operować współczesnymi technologiami informacyjnymi oraz potrafią je zastosować w badaniach biomedycznych i biologii molekularnej. Ponadto absolwenci potrafią zaprojektować i skonstruować własne narzędzia informatyczne służące do rozwiązywania konkretnych problemów biologii molekularnej.

Kształcenie

  • bioinformatyka sekwencji obejmuje analizę porównawczą oraz funkcjonalną genomów, transkryptomów i proteomów
  • bioinformatyka strukturalna obejmującą badanie struktur przestrzennych kwasów nukleinowych i białek, ich porównywanie, klasyfikację i modelowanie
  • bioinformatyka ewolucyjna związaną z rekonstrukcją pokrewieństw ewolucyjnych oraz składaniem genomów i ich porównywaniem
  • bioinformatyka systemowa obejmującą modelowanie procesów biologicznych na różnym poziomie organizacji życia, od komórkowego po ekologiczny
  • opracowywanie nowych metod analizy obliczeniowej danych biologicznych poprzez tworzenie oprogramowania bioinformatycznego.

Atuty kierunku

Kierunek wyróżnia się bogatą i różnorodną ofertą przedmiotów i zajęć o charakterze praktycznym. Program studiów stworzono we współpracy z pracodawcami i firmami bioinformatycznymi (m.in. Roche, Ardigen, GenXone S.A.) wzbogacając go o dodatkowe formy kształcenia (np. kursy i staże w firmach z branży bioinformatycznej). Umożliwi to zdobycie unikalnych i poszukiwanych na obecnym rynku pracy kwalifikacji.

Studia pozwalają kreować indywidualne ścieżki kształcenia i pogłębiania zainteresowań studentów. Odbywa się to poprzez wybór przedmiotów obieralnych oraz odpowiedni dobór tematyki pracy licencjackiej i praktyk studenckich. W programie studiów, każdy z wymienionych wyżej obszarów tematycznych reprezentowany jest przez szereg przedmiotów obowiązkowych i obieralnych. Dzięki nim student zdobywa wiedzę teoretyczną (wykłady i konwersatoria), jak i praktyczną (zajęcia komputerowe, laboratoria, wizyty studyjne w firmach z branży bioinformatycznej).

Specjalności w ramach kierunku

Na kierunku nie wyodrębniono specjalności, jednak szeroka paleta przedmiotów fakultatywnych umożliwia studentom skoncentrowanie się na wybranych aspektach bioinformatyki – np. analizie danych genomowych, algorytmice czy bioinformatyce strukturalnej.

Sylwetka absolwenta

Absolwenci otrzymają tytuł zawodowy licencjata i będą mieli możliwość podejmowania pracy w:

  • krajowych i zagranicznych laboratoriach bioinformatycznych, diagnostycznych i badawczych, instytucjach naukowo-badawczych
  • w przedsiębiorstwach zajmujących się tworzeniem i rozwojem oprogramowania bioinformatycznego (np. na potrzeby diagnostyki medycznej)
  • w działach badawczo-rozwojowych firm farmaceutycznych zajmujących się m.in. poszukiwaniem nowych leków
  • jednostkach doradczych i projektujących procesy biotechnologiczne
  • instytucjach zajmujących się obsługą biologicznych i medycznych baz danych
  • jednostkach administracji publicznej

Program studiów

# Nazwa przedmiotu Prowadzący Pkt. ECTS Forma zaliczenia
1 Statystyka z elementami rachunku prawdopodobieństwa prof. dr hab. Waldemar Wołyński 5 Egz.
2 Struktura i funkcja cząsteczek biologicznych prof. dr hab. Mikołaj Olejniczak 5 Egz.
3 Wprowadzenie do systemu Linux prof. UAM dr hab. Krzysztof Dyczkowski 5 Zal.
4 Podstawy programowania w języku Python dr Andrzej Zieleziński 4 Zal.
5 Algebra liniowa prof. UAM dr hab. Maciej Radziejewski 3 Zal.
6 Biologia komórki prof. dr hab. Hanna Kmita
prof UAM dr hab. Andrzej Lesicki
5 Egz.
7 Podstawy teoretyczne biologii prof. dr hab. Przemysław Wojtaszek
dr hab. Anna Skoracka
3 Zal.
# Nazwa przedmiotu Prowadzący Pkt. ECTS Forma zaliczenia
1 Matematyka dyskretna prof. UAM dr hab. Wojciech Florek 5 Egz.
2 Algorytmy i struktury danych prof. UAM dr hab. Stanisław Gawiejnowicz 5 Zal.
3 Biologia molekularna prof. dr hab. Zofia Szweykowska-Kulińska
dr hab. Michał Rurek
5 Egz.
4 Bioinformatyka w technikach biologii molekularnej dr hab. Mirosława Dabert 5 Zal.
5 Bioinformatyka prof. dr hab. Wojciech Karłowski 6 Egz.
6 Ewolucja bioróżnorodności prof. dr hab. Jacek Dabert
dr hab. Justyna Wiland-Szymańska
2 Zal.
7 Język angielski - 2 Zal.
8 WF - - Zal.
# Nazwa przedmiotu Prowadzący Pkt. ECTS Forma zaliczenia
1 Algorytmy w bioinformatyce sekwencji prof. dr hab. Wojciech Karłowski
dr Maciej Szymański
dr Andrzej Zieleziński
6 Egz.
2 Zastosowanie grafów w bioinformatyce prof. UAM dr hab. Wojciech Florek 3 Egz.
3 Badania wielkoskalowe w biologii molekularnej prof. dr hab. Izabela Makałowska 6 Egz.
4 Regulacja procesów komórkowych prof. dr hab. Artur Jarmołowski 6 Egz.
5 Język angielski - - Zal.
6 WF - - Zal.
Przedmioty obieralne
Punktów ECTS do uzyskania: 7
1 Technologie internetowe Wydział Matematyki i Informatyki 3 Zal.
2 Programowanie w R dr hab. Lechosław Kuczyński 2 Zal.
3 Wykłady eksperckie Wydział Biologii 1 Zal.
4 Tips and tricks: skuteczne wyszukiwanie informacji i ich wizualizacja dr Sylwia Łukasik 1 Zal.
5 Enzymologia molekularna prof. dr hab. Wiesława Jarmuszkiewicz 3 Zal.
# Nazwa przedmiotu Prowadzący Pkt. ECTS Forma zaliczenia
1 Wprowadzenie do języka C++ Wydział Matematyki i Informatyki 4 Zal.
2 Podstawy analizy danych NGS prof. UAM dr hab. Marek Żywicki 5 Zal.
3 Podstawy bioinformatyki strukturalnej dr Jan Brezovsky 3 Zal.
4 Język angielski - 2 Zal.
Przedmioty obieralne
Punktów ECTS do uzyskania: 16
1 Sieci interakcji ekologicznych prof. dr hab. Marlena Lembicz
dr hab. Anna Skoracka
2 Zal.
2 Mechanizmy regulacyjne zależne od RNA dr Maciej Szymański 2 Zal.
3 Biologia nowotworów i ich mikrośrodowiska dr Agnieszka Knopik-Skrocka 3 Zal.
4 Życie. Czym jest i skąd się wzięło? dr Maciej Szymański 1 Zal.
5 Maszyny molekularne prof. UAM dr hab. Mikołaj Olejniczak 4 Zal.
6 Wykłady eksperckie Wydział Biologii 1 Zal.
7 Biologiczne i biomedyczne bazy danych dr Joanna Ciomborowska-Basheer 3 Zal.
8 Ekologia obliczeniowa dr hab. Lechosław Kuczyński 3 Zal.
9 Teledetekcja i narzędzia GIS w pozyskiwaniu informacji przyrodniczej dr Maciej Nowak 4 Zal.
10 Elementy niespecjalistyczne w pracy absolwenta Witold Hołubowicz 3 Zal.
# Nazwa przedmiotu Prowadzący Pkt. ECTS Forma zaliczenia
1 Bazy danych Wydział Matematyki i Informatyki 5 Zal.
2 Analiza matematyczna Wydział Fizyki 5 Zal.
3 Bioinformatyka mikroorganizmów i wirusów dr Jakub Barylski
dr Jakub Baranek
3 Zal.
4 Genetyka ewolucyjna i populacyjna prof. dr hab. Witold Wachowiak
dr Mateusz Konczal
3 Egz.
5 Język angielski - 4 Egz.
Przedmioty obieralne
Punktów ECTS do uzyskania: 10
1 Bioinformatyka RNA prof. UAM dr hab. Marek Żywicki
dr Maciej Szymański
3 Zal.
2 Tworzenie aplikacji internetowych w Django (Python) dr Andrzej Zieleziński 2 Zal.
3 Socjobiologia prof. dr hab. Jacek Radwan 4 Zal.
4 Wykłady eksperckie Wydział Biologii 1 Zal.
5 Analizy kopalnego DNA dr inż. Anna Juras
dr Maciej Chyleński
2 Zal.
6 Programowanie obiektowe w C++ Wydział Matematyki i Informatyki 3 Zal.
# Nazwa przedmiotu Prowadzący Pkt. ECTS Forma zaliczenia
1 Symulacja procesów biologicznych prof. dr hab. Borys Wróbel 4 Zal.
2 Pracownia licencjacka do wyboru - 9 Zal.
3 Seminarium licencjackie do wyboru - 9 Zal.
4 Praktyki zawodowe - 4 Zal.
Przedmioty obieralne
Punktów ECTS do uzyskania: 11
1 Genetyka cech wielogenowych u człowieka dr hab. Alina Bączkiewicz
dr hab. Kataszyna Buczkowska-Chmielewska
2 Zal.
2 Wykłady eksperckie Wydział Biologii 1 Zal.
3 Kompresja danych Wydział Matematyki i Informatyki 3 Zal.
4 Bioetyka dr Izabela Rzymska 2 Zal.
5 Genomika populacyjna prof. dr hab. Witold Wachowiak 3 Zal.
6 Mechanizmy epigenetyczne w etiologii chorób człowieka dr hab. Mirosława Siatecka
dr hab. Elżbiera Poręba
3 Zal.
7 Wprowadzenie do biogospodarki dr Łukasz Wojtyla 3 Zal.
8 Prezentacja i wizualizacja danych w R Wydział Matematyki i Informatyki 3 Zal.